Nach dem Studium der Theologie und Philosophie an der Universität von Pest begann F. 1864 am Gymnasium in Tyrnau zu unterrichten. Von 1865 an lehrte er am Priesterseminar in Gran; im gleichen Jahr erhielt er die Priesterweihe. 1871 zog er nach Pest, wo er 1875 Kustos der Széchényi-Bibliothek wurde. 1879 erhielt F. die Würde eines Titularabtes von Szekszárd; ihm wurden sämtliche ungarische Museen und Bibliotheken unterstellt. Seiner Ernennung zum korrespondierenden Mitglied der Ungarischen Akademie der Wissenschaften (1870) folgte 1873 seine Aufnahme als ordentliches Mitglied der Akademie, deren Direktor er 1892 - bis zu seiner Ernennung zum Ehrenmitglied (1907) - wurde. 1892 erhielt er die Weihe zum Titularbischof von Arbe und gründete in Rom das ungarische historische Institut.

Der Schwerpunkt von F.s Forschungen lag auf der ungarischen Geschichte des 15. bis 17. Jh.s; dabei leitete ihn die Vorstellung eines konservativen Klerikalismus und das Bemühen, unter ausgeprägt nationalem Vorzeichen die Rolle Ungarns in der abendländischen Geschichte herauszustellen. Seine Werke über König Matthias und dessen Bestrebungen nach dem Kaiserthron sind in diesem Zusammenhang zu erwähnen (Hunyady Mátyás király, 1890; deutsch: Matthias Corvinus, König von Ungarn, Freiburg i. B. 1891; Mátyás törekvései a császári trónra, 1914). F.s umfangreiche Forschungen in ausländischen Archiven - vor allem im vatikanischen Archiv - schufen die Voraussetzung für die diplomatische sowie Kirchengeschichte Ungarns in der zweiten Hälfte des 15. Jh.s. Er publizierte die Briefe König Matthias’ (1893, 1895).

Zu F.s umfassender Aktivität gehörte die Herausgabe der „Abhandlungen aus dem Gebiet der Geschichtswissenschaften“ (Értekezések a történettudományok köréből, 1872-1878), der Jahrbücher und Nachrichten der Ungarischen Akademie der Wissenschaften (1878-1879), der „Ungarischen Buchrundschau“ (Magyar Könyvszemle, 1876-1879), der ungarischen Landtagsakten (Magyar Országgyűlési Emlékek, 10 Bände, 1874-1917) sowie der ersten vier Bände der „Monumenta Vaticana Hungaricae“ (1884-1899).

Zu den bedeutendsten Veröffentlichungen F.s zählen seine Monographien über die Graner Erzbischöfe Péter Pázmány (Pázmány Péter és kora. 3 Bde. 1868/72; Pázmány Péter, 1886), János Vitéz (Vitéz János esztergomi érsek élete, 1879), Pál Tomory (Tömöri Pál élete és iratai, 1882) und Tamás Bakócz (Erdődi Bakócz Tamás élete, 1889), über den Mönch Martinovics und dessen Verschwörung (Martinovics és társainak összeesküvése, 1880; Martinovics élete, 1921) sowie Geschichtsdarstellungen über das Zeitalter der Hunyaden und Jagellonen (A Hunyadyak és a Jagellók kora, 1896, als 4. Band des von Sándor Szilágyi herausgegebenen 10bändigen Geschichtswerkes) und die diplomatischen und kirchlichen Verbindungen Ungarns mit dem Heiligen Stuhl (Magyarország egyházi és diplomáciai összeköttetései a szentszékkel. 3 Bde. 1900/03).

Áldásy, Antal: Fraknói Vilmos. In: Századok 57/58 (1923/1924) 837-841.

Tóth, László: Fraknói Vilmos. Budapest 1925.

Berzeviczy, Albert: Fraknói Vilmos igazgató és tiszteleti tag emlékezete. Budapest 1927. = A Magyar Tudományos Akadémia elhúnyt tagjai fölött tartott emlékbeszédek. 20/2.

Lederer, Emma: A magyar polgári történetírás rövid története. Budapest 1969.